Para obtener el Grado de Magíster en Historia, el estudiante debe realizar una tesis de grado, que consiste en un trabajo individual de investigación donde debe demostrar dominio metodológico, fundamentación teórica y aportes significativos. La tesis de grado se divide en Tesis Inicial y Tesis Final.

El estudiante debe inscribir la Tesis Inicial en el tercer semestre y la Tesis Final en el cuarto semestre, siempre que haya aprobado todas las asignaturas obligatorias y optativas correspondientes.

La Tesis Inicial comienza bajo la dirección de un profesor guía del claustro del programa. Dependiendo el caso, se permite la co-dirección con un profesor colaborador o con un profesor externo nacional o extranjero. Será evaluada por una Comisión de Tesis compuesta por el profesor guía y dos profesores del programa, designados por el Director. La evaluación incluye un trabajo escrito y un examen oral. Si hay observaciones, el estudiante tiene 15 días hábiles para corregirlas y presentar un nuevo trabajo. No hacerlo puede llevar a la reprobación y eliminación del programa. El Director puede extender este plazo en casos justificados.

Tras la presentación de la Tesis Final, el Director del programa formará una Comisión de Examen de Grado, establecerá la fecha del examen y coordinará la defensa oral pública. El examen será realizado ante la Comisión de Examen de Grado, integrada por el Director del Instituto de Historia, el Director del programa, un profesor guía, un profesor del programa y un académico externo. La calificación final de la Tesis Final se basa en el promedio simple entre la tesis escrita y la defensa oral.

La calificación final para el Grado de Magíster en Historia será el promedio simple de: a) las notas de las asignaturas obligatorias, optativas y Tesis Inicial; y b) la nota del Examen de Grado.