Para la obtención del Grado de Doctor/a en Ciencias Agroalimentarias, la Tesis de doctorado debe ser un trabajo de investigación original que contribuya al conocimiento en este campo. El trabajo se estructura en partes, cada una destinada a ser un artículo científico publicable en una revista indexada en Web of Science. Durante el proceso, el alumno(a) debe presentar informes semestrales de avance (Avance de Tesis 1, 2 y 3) al Comité de Tesis, sujeto a evaluación según el reglamento vigente.

La Tesis debe completarse con éxito en las asignaturas correspondientes a los avances de tesis. Luego, se presenta un informe final al Comité de Tesis, que puede aceptarlo, sugerir modificaciones o rechazarlo. En caso de ajustes necesarios, se dispone de un plazo para presentar una nueva propuesta. La aprobación final permite la inscripción en la asignatura de Defensa de Tesis.

El examen final consiste en la presentación y defensa de la Tesis ante una Comisión Examinadora, integrada por miembros del Comité de Tesis y un profesor invitado de otra universidad, presidida por el Decano(a) de la Facultad o el Director(a) del programa.

Al aprobar el examen, se otorga el grado de Doctor/a en Ciencias Agroalimentarias por la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, bajo los requisitos de haber aprobado todas las asignaturas del plan de estudios, obtener un promedio ponderado mínimo de 4.0 y cumplir con los criterios específicos del reglamento, que pueden incluir la publicación de artículos científicos o el registro de una patente u obtentor de una nueva variedad de material vegetal.